El monasterio Nicolo-Vyazhischsky fue fundado en el último cuarto del siglo XIV por los monjes Eufrosin, Ignacio y Galaktion. El primer abad del monasterio fue Pimen. Las crónicas de Nóvgorod mencionan el monasterio desde el año 1411. Este año en el sitio donde apareció el icono de San Nicolás fue construida la iglesia en su honor.
Este monasterio fue la cuna espiritual del famoso Santo Eufemio, Arzobispo de Nóvgorod. El arzobispo Eutimio fue conocido en la historia de Nóvgorod (siglo XV) como una figura política importante. Fue jefe del púlpito de Nóvgorod en el momento de la formación del Estado ruso centralizado y era un feroz opositor de la reunificación de tierras de Nóvgorod con el principado de Moscú. Eutimio construía mucho en los alrededores de la ciudad. Se ha actualizado y decorado la catedral de Santa Sofía, construyó la Cámara Vladychnaya (Cámara de Facetas), campanario, reconstruyó "en la antigua base" varias iglesias.
Por su amor al monasterio la crónica lo llama "de Vyazhischy". En 1436 el santo construyó en lugar de la iglesia de madera Nicolskaya una de piedra, que se derrumbó al año siguiente. En 1438, el arzobispo Eutimio restauró el templo destruido y en 1441 lo pintó. En 1439 él construyó en el monasterio una iglesia de piedra en honor de San Apóstol y evangelista san Juan el Teólogo, con el comedor cálido y muchos servicios monásticos: panadería, cabaña, almacenes y bodegas.
La Catedral de San Nicolás es algo severo y desde el punto de vista arquitectónico conserva tradiciones de Nóvgorod. El refectorio, por el contrario, es elegante, colorido, atrae la atención con su efecto decorativo. Parece que estos dos edificios de formas arquitectónicas específicamente están en contra de uno al otro. La iglesia de San Juan el Divino no difiere del conjunto general de las iglesias de Nóvgorod. En su edificio combina la opulencia de Moscú con el rigor de Nóvgorod del norte. Su construcción se inició en 1694 y terminó en 4 años. Sin embargo, en el año de finalización de las obras de construcción una tormenta destruyó el techo y la cabeza de la iglesia. La iglesia se restauró hasta el año 1702. La belleza especial al templo le daban los azulejos.
En Nóvgorod los empezaron a usar desde el siglo XVI, y a una mayor o menor medida muchos edificios de la ciudad construidos o reconstruidos en el siglo XVII estaban adornados con ellos.
En el monasterio Vyazhischsky los azulejos se usaron como suplementos en las galerías, los introdujeron en la decoración de terrazas, en nichos dn las paredes, para enmarcar las ventanas y puertas, en los frisos anchos alrededor del refectorio, en la decoración de barandillas de escaleras brotes. La cerámica monumental de Vyazhischy está caracterizada de imagen clara y nítida, claramente visible, incluso si los azulejos se colocan en una gran altura. En los azulejos suelen representar flores en una maceta de flores y formas geométricas. Los azulejos medianas y grandes son más diversos en los dibujos: Unicornio en las azulejas (en la torre octagonal de campana), águila de dos cabezas (en el friso superior de la segunda división del refectorio), cruz, florero con una gran flor de fruta, etc.
A principios del siglo XVII durante la invasión sueca, el monasterio sufrió, pero al final de la ocupación extranjera, con el especial patrocinio del Zar Mikhail Fedorovich, de forma rápida recuperó su riqueza. En 1625, por ejemplo, este rey dio permiso al monasterio para pescar en el río Vyga en provincia de Arkhangelsk junto con el monasterio Solovetsky. A partir de ahí dos sacerdotes cada año se iban de Vyazhischy "para la pesca del salmón" y el envio posterior de la novena parte de la captura a su monasterio.
En 1764, por decreto de la emperatriz Catalina II, el monasterio Nicolás Vyazhischsky se adjuntó a la clase II, y todas sus tierras fueron expropiadas por el estado. Desde entonces la situación económica del monasterio se ha deteriorado considerablemente. En los siglos XVIII-XIX en el territorio del monasterio se encontraba la prisión.
En 1920 el monasterio fue cerrado, sus edificios se utilizaron para las necesidades colectivas de las familias campesinas: el comedor interior había sido arreglado para guardar el granero y papa.
También albergaba talleres de metal, una herrería. Muchas ventanas y puertas fueron destruidos en las paredes perforaron entradas para los vehículos. En el segundo piso albergaba una escuela. Los edificios del monasterio sufrieron mucho durante la Gran Guerra Patria.
En 1958, bajo la dirección del arquitecto restaurador Krasnorechev en el monasterio empezaron tomar medidas, investigar y en 1964 comenzaron la restauración y trabajo de la reconstrucción.
En 1989, el monasterio Nicholas Vyazhischsky fue devuelto a la iglesia. La Divina Liturgia se realizó por primera vez el 11 de septiembre de 1989. El 31 de marzo de 1990 tuvo lugar la consagración de la iglesia inferior en honor de Santa Eufemia por el Arzobispo de Nóvgorod. El primer servicio divino en el monasterio hizo el Metropolitano de Leningrado y Nóvgorod, Patriarca de Moscú y de Toda Rusia, Alexis II. Con su bendición estaba decidido que el monasterio será femenino.
En el convento Nicholas Vyazhischsky Stavropegial (directamente bajo la autoridad del patriarca) están funcionando dos templos, uno en honor de Eufemia, el Arzobispo de Nóvgorod (donde sus restos están enterrados), y otro - la catedral en honor de San Nicolás, el arzobispo de Myra en Licia (reconstruida y consagrada el 19 de mayo de 2000.)Dos templos, en honor del Apóstol San Juan Evangelista teólogo con el refectorio y la Iglesia de la Ascensión del Señor, se encuentran en proceso de restauración.